MusiCAD heeft een groot aantal manieren om de ingevoerde muziek te bewaren. Bij gebruik van [Bestand|Opslaan Als] krijg je de mogelijkheden te zien bij opslaan als type. Aan ieder opslagtype is een extensie en een bestandsformaat verbonden.
Om het je makkelijk te maken om bestanden snel terug te kunnen vinden staan er rechts een aantal knoppen waarmee je snel eerder vastgelegde voorkeurlocaties kunt gebruiken.